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简介

R并行编程实战: 高性能计算技术丛书豆 0.0分

资源最后更新于 2020-03-29 03:05:53

作者：〔美〕西蒙 R.查普尔〔美〕伊丽·特鲁普〔美〕托斯顿·福斯特〔美〕特伦斯·斯隆

译者：张茂军李洪成文益民

出版社：出版社机械工业出版社

出版日期：2017-11

ISBN：9787111576372

文件格式： pdf

标签：互联网技术计算机美国编程高性能计算技术丛书

简介· · · · · ·

并行计算是一种通过执行多条指令来解决大型复杂计算问题的有效算法，可以显著提高计算机系统的计算速度和处理能力。R语言是目前非常流行的一种开源程序语言，在统计学和生物学等学科中得到了广泛应用。本书成功地借助于R语言实现了并行计算的多种有效算法，并且通过案例分析了如何运用R语言执行并行计算。同时详细介绍了并行计算中的R程序包的使用，如SPRINT包提供了一套从R中调用并行计算的MPI函数。全书案例简单易懂，程序翔实，叙述清晰。本书4位作者都是计算机专业的资深专家和学者，从事并行计算多年，发表了众多优秀成果。本书的引进有益于读者运用R语言进行并行计算的研究，读者可以结合实际应用来学习本书中讨论的算法和模型。西蒙R.查普尔（Simon R.Chapple）是一位经验丰富的解决方案架构师和首席软件工程师，从事数据分析和医疗信息系统解决方案和应用的开发超过25年。他也是超级计算机HPC和大数据处理方面的专家。

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简介

R并行编程实战: 高性能计算技术丛书 豆 0.0分

简介· · · · · ·

目录

译者序

前言

关于作者

第1章 简单的R并行性

1.1 亚里士多德数谜

1.1.1 求解程序的实现

1.1.2 改进求解程序

1.1.3 将问题分解为多个任务

1.2 R的并行包

1.2.1 使用mclapply（）

1.2.2 使用parLapply（）

1.2.3 并行负载均衡

1.3 segue包

1.3.1 安装segue

1.3.2 设置AWS账户

1.3.3 运行segue

1.3.4 求解亚里士多德数谜

1.4 总结

第2章 消息传递入门

2.1 为MPI设置系统环境

2.1.1 为MPI选择R包

2.1.2 选择MPI子系统

2.1.3 安装OpenMPI

2.2 MPI标准

2.2.1 MPI的世界

2.2.2 安装Rmpi

2.2.3 安装pbdMPI

2.3 MPI API

2.3.1 点对点阻塞通信

2.3.2 点对点非阻塞通信

2.3.3 集体通信

2.4 总结

第3章 高级消息传递

3.1 网格并行性

3.1.1 创建网格集群

3.1.2 边界数据交换

3.1.3 中值滤波

3.1.4 平铺分配图像

3.1.5 中值滤波网格程序

3.2 检查和管理通信

3.3 lapply（）的函数变体

3.4 总结

第4章 开发SPRINT—超级计算机的基于MPI的R包

4.1 关于ARCHER

4.2 从R中调用MPI代码

4.2.1 MPI Hello World

4.2.2 从R中调用C

4.3 建立一个MPI R包—SPRINT

4.3.1 简单的并行R接口（SPRINT）包

4.3.2 SPRINT包的体系结构

4.4 将一个新函数添加到SPRINT包中

4.4.1 下载SPRINT源代码

4.4.2 在R中创建一个存根—phello.R

4.4.3 添加接口函数—phello.c

4.4.4 添加实现函数—hello.c

4.4.5 连接存根、接口和实现

4.4.6 编译并运行SPRINT代码

4.5 基因组学分析案例研究

4.5.1 基因组学

4.5.2 基因组数据

4.6 基因组学与超级计算机

4.6.1 目标

4.6.2 ARCHER超级计算机

4.6.3 随机森林

4.6.4 基因组分析案例研究的数据

4.6.5 ARCHER中的随机森林性能

4.6.6 排名产品

4.6.7 ARCHER中的排名产品性能

4.6.8 结论

4.7 总结

第5章 笔记本中的超级计算机

5.1 OpenCL

5.2 ROpenCL包

5.2.1 ROpenCL编程模型

5.2.2 距离矩阵示例

5.3 总结

R并行编程实战: 高性能计算技术丛书豆 0.0分

第1章　简单的R并行性

1.1　亚里士多德数谜

1.1.1　求解程序的实现

1.1.2　改进求解程序

1.1.3　将问题分解为多个任务

1.2　R的并行包

1.2.1　使用mclapply（）

1.2.2　使用parLapply（）

1.2.3　并行负载均衡

1.3　segue包

1.3.1　安装segue

1.3.2　设置AWS账户

1.3.3　运行segue

1.3.4　求解亚里士多德数谜

1.4　总结

第2章　消息传递入门

2.1　为MPI设置系统环境

2.1.1　为MPI选择R包

2.1.2　选择MPI子系统

2.1.3　安装OpenMPI

2.2　MPI标准

2.2.1　MPI的世界

2.2.2　安装Rmpi

2.2.3　安装pbdMPI

2.3　MPI API

2.3.1　点对点阻塞通信

2.3.2　点对点非阻塞通信

2.3.3　集体通信

2.4　总结

第3章　高级消息传递

3.1　网格并行性

3.1.1　创建网格集群

3.1.2　边界数据交换

3.1.3　中值滤波

3.1.4　平铺分配图像

3.1.5　中值滤波网格程序

3.2　检查和管理通信

3.3　lapply（）的函数变体

3.4　总结

第4章　开发SPRINT—超级计算机的基于MPI的R包

4.1　关于ARCHER

4.2　从R中调用MPI代码

4.2.1　MPI Hello World

4.2.2　从R中调用C

4.3　建立一个MPI R包—SPRINT

4.3.1　简单的并行R接口（SPRINT）包

4.3.2　SPRINT包的体系结构

4.4　将一个新函数添加到SPRINT包中

4.4.1　下载SPRINT源代码

4.4.2　在R中创建一个存根—phello.R

4.4.3　添加接口函数—phello.c

4.4.4　添加实现函数—hello.c

4.4.5　连接存根、接口和实现

4.4.6　编译并运行SPRINT代码

4.5　基因组学分析案例研究

4.5.1　基因组学

4.5.2　基因组数据

4.6　基因组学与超级计算机

4.6.1　目标

4.6.2　ARCHER超级计算机

4.6.3　随机森林

4.6.4　基因组分析案例研究的数据

4.6.5　ARCHER中的随机森林性能

4.6.6　排名产品

4.6.7　ARCHER中的排名产品性能

4.6.8　结论

4.7　总结

第5章　笔记本中的超级计算机

5.1　OpenCL

5.2　ROpenCL包

5.2.1　ROpenCL编程模型

5.2.2　距离矩阵示例

5.3　总结

第6章　并行程序设计的艺术

6.1　理解并行效率

6.1.1　加速比

6.1.2　阿姆达尔定律

6.1.3　并行或者不并行

6.2　数值逼近