1.《经济控制论初步》
首次出版于1982年，湖南人民出版社。主要运用数量经济学的方法，研究了经济结构与经济分工之间的关系，对分工度、反馈效率、竞争水平、流通效率等因素之间的内在联系进行了大量分析研究。原中国社会科学院副院长于光远先生对本书给予了高度评价，并撰写《寻求经济理论的创新——读<经济控制论初步>有感》。
2.《数理经济学基础》
该书由杨小凯编，著名经济学家茅于轼审校。首次出版于1985年，国防工业出版社。该书是杨小凯在武汉大学执教期间讲授“数理经济学”课程基础上完善而成的。杨小凯估计的一些计量经济模型当时未能在国内引起反响，却获得了去武汉大学访问的普林斯顿大学教授邹至庄的注意。1983年，在邹至庄的安排下，杨小凯被普林斯顿大学经济系录取为博士研究生。
3.《经济控制理论》
首次出版于1986年，湖南科学技术出版社。该书是杨小凯在《经济控制论初步》基础上对“经济控制论”进行的补充和完善，代表了杨小凯“经济控制论”研究的高峰。该书由我国著名经济学家茅于轼审稿。
4.《经济学原理》（含习题集）
首次出版于1998年，中国社会科学出版社。本书是马歇尔的经济学原理教科书以来的第三代经济原来学教科书，它不同于马歇尔经济原理教科书中将需求分析与对个人专业化决策的分析分割开来。作者用一个全新的经济学分析框架和超边际分析方法，将被新古典经济学遗弃的古典经济学灵魂在一个现代躯体中复活。此书不仅系统地讲授新兴古典经济学的内容，也全面地介绍了新古典经济学的内容。
5.《专业化与经济组织：一种新兴古典微观经济学框架》
杨小凯与黄有光合著，张玉纲译，首次出版于1999年，经济科学出版社。本书从经济学在提高社会财富生产能力方面起了巨大的作用，小到一项工程的可行性研究，大到国家的经济政策，再大到国际贸易规则的制定，都要大量应用经济学的理论做指导。如果没有经济学，市场照样可以运作，但它的效率要大大降低，争论要大大增加。经济学在人类进步中做出了重大贡献。
6.《新兴古典经济学与超边际分析（修订本）》
杨小凯与其学生张永生合著，首次出版于2003年，社会科学文献出版社。这本著作传递给我们这样一个信息，即“新兴古典经济学”较新古典经济学更能描述我们的环境。这种观点通过一种有趣的方式，用优美而清晰的文笔表述出来，为我们提供了高品质的知识和宽泛的思维视角。较为特别的是本书没有像其他的经济学教科书那样，充斥着公式与烦琐的推论过程，而是运用极其精练而具有说服力的通俗直观的经济学事例与图表，将一门具有深厚理论基础与经过严格论证的新兴学科知识缓缓呈现在众人面前。
7.《经济学：新兴古典与新古典框架》
首次出版于2003年，社会科学文献出版社。本书一经出版就引起了广泛的重视,成为这一领域的一本重要的书目。《经济学:新兴古典与新古典框架》详细论述了内生专业化的分析框架是对斯密分工理论的一种形式化。这本教科书是当时中国第一部和最重要的古典经济学教科书，虽然它不能完全具体表达亚当?斯密等古典前辈的思想，但它总结了一个值得所有经济学家进一步思考的最出色的框架。这本教科书将在相对少的时间里使读者在经济学理论方面加速提升。
8.《发展经济学：超边际与边际分析》
由杨小凯的学生、国内知名学者张定胜、张永生译。首次出版于2003年，社会科学文献出版社。本书的财政支持来自于哈佛大学国际发展中心、澳大利亚研究基金委员会、香港中文大学、台湾大学、中央研究院经济研究所、台湾科学基金会、北京大学中国经济研究中心和光华管理学院、荷兰Tilburg大学经济研究中心。这是当时中国第一本新兴古典发展经济学教材，它主要集中在经济发展的古典问题上，即为什么一些国家要比另一些国家更加富裕。它不仅系统讲授新兴古典发展经济学，同时还全方位地涵盖了新古典发展经济学的内容。全书分为发展经济学的微观机制；企业制度、内生交易费用和经济发展；城市化和工业化；经济发展的动态机制；发展的宏观经济学五大部分。
9.《基于专业化递增报酬的分工模型：一种微观经济方法》
本书系杨小凯的博士论文，迄今尚未正式出版过。《杨小凯学术文库》将首次对其进行出版。该书原文为英文，由杨小凯的学生张永生翻译，本书拟出中英文合订本。