第一卷第一册：罗明坚《天主圣教实录》
第二册：利玛窦《天主实义》
第三册：利玛窦《畸人十篇》
第四册：利玛窦《辩学遗牍》
第五册：利玛窦《交友论》
第六册：利玛窦《二十五言》
第七册：艾儒略《三山论学》
第八册：艾儒略《万物真原》
第九册：艾儒略、卢安德、林本笃、瞿西满《口铎日抄》
第十册：艾儒略《天主降生言行纪略》
第十一册：艾儒略《天主降生引义》
第二卷第十二册：庞迪我《天主实义续篇》
第十三册：孟儒望《天学略义》
第十四册：马若瑟《儒教实义》
第十五册：利安当《天儒印》
第十六册：汤若望《主制群征》
第十七册：利类思《不得已辩》
第十八册：南怀仁《善恶报略说》
第十九册：白晋《古今敬天鉴》
第二十册：沙守信《真道自证》
第二十一册：郭纳爵《烛俗迷篇》
第二十二册：冯秉正《盛世刍荛》
第二十三册：陆铭恩《释客问》
第三卷第二十四册：徐光启《辟妄》
附一：徐光启《答乡人书》
附二：雷翀《天辟邪事》
第二十五册：徐光启《辩学疏稿》
第二十六册：徐文定公译《破迷》
第二十七册：杨廷筠[52]《天释明辨》
第二十八册：杨廷筠《鸮鸾不并鸣说》
第二十九册：杨廷筠《代疑篇》
第三十册：杨廷筠《代疑续篇》
第三十一册：朱宗元《答客问》
第三十二册：朱宗元《拯世略说》
第三十三册：刘凝等《觉斯录》
第三十四册：王征《畏天爱人极论》
第三十五册：韩霖、段衮《辨教论》
第三十六册：张星曜、洪济《辟略说条驳》
第三十七册：张星曜《天儒同异考》
第四卷第三十八册：严谟《天帝考》
第三十九册：李祖白《天学传概》
第四十册：邵辅忠《天学说》
第四十一册：韩霖、张赓《圣教信证》
第四十二册：何世贞《崇正必辩》
第四十三册：罗广平《醒迷篇》
第四十四册：陈渟《开天宝钥》
第四十五册：无名氏《儒交信》
第四十六册：无名氏《论释氏之非》
味德子《辟轮回非理之正》
任斋主人《问释氏言轮回》
无名氏《醒世问篇》
苏若望《天主圣教约言》
文度辣《圣教要训》
何大华《天主圣教蒙引》
陆泰然[92]《（天主）圣教摄言》
王丰肃[94]《教要解略》
第四十七册：无名氏《辩诬》
第四十八册：无名氏《天主教辩疑》
第四十九册：无名氏“圣教要紧的道礼”等
第五十册：无名氏《圣教理证》
第五十一册：无名氏《辟诬编》
第五十二册：无名氏《一目了然》
第五十三册：张雅各伯《邪正理考简言》
第五十四册：无名氏《辟邪归正》
第五十五册：无名氏“论上帝之有无”等
第五十六册：艾约瑟迪谨《释教正谬》
第五卷第五十七册：徐昌治《破邪集》
第五十八册：钟始声《辟邪集》
第五十九册：杨光先《不得已》
第六十册：“天下第一伤心人”《辟邪纪实》
附录：郑安德《明末清初天主教和佛教辩论资料选》