第1 章 Gephi 简介 1
1.1 Gephi 是做什么的 2
1.1.1 Gephi 分析怎样的“网络” 2
1.1.2 Gephi 怎样“分析”网络 3
1.2 Gephi 基本情况 3
1.2.1 Gephi 特性 3
1.2.2 Gephi 开发简史 4
1.2.3 Gephi 的基本链接 4
1.3 Gephi 创始人访谈：符号学的重要性 4
第2 章 Gephi 的安装 13
2.1 下载Gephi 14
2.2 安装Gephi 16
2.3 Java 运行时环境管理 20
2.3.1 Gephi 需要Java 运行环境的支持 20
2.3.2 检查Java 版本 21
2.3.3 Java 的下载与安装 22
2.3.4 Java 虚拟机无法启动的处理 26
第3 章 Gephi 的界面与编辑工具 27
3.1 Gephi 的启动界面 28
3.2 Gephi 主界面 29
3.2.1 图窗体 29
3.2.2 4 个编辑工具的位置 30
3.3 4 个编辑工具的基本介绍 31
3.3.1 布局 31
3.3.2 统计 32
3.3.3 外观 32
3.3.4 滤波 32
3.4 Gephi 的整体操作流程 33
第4 章 图窗体的编辑工具和设置工具 35
4.1 图窗体编辑工具 37
4.1.1 全屏显示 38
4.1.2 鼠标选取范围尺寸调整 41
4.1.3 单选 43
4.1.4 矩形选取 44
4.1.5 移动 45
4.1.6 单节点涂色 46
4.1.7 节点大小调整 47
4.1.8 关联节点涂色 49
4.1.9 新建节点 50
4.1.10 新建边 51
4.1.11 节点距离（最短路径） 52
4.1.12 节点范围（距离涂色） 53
4.1.13 节点属性 55
4.2 图窗体设置工具 56
第5 章 数据 66
5.1 Gephi 图形的记录方式 67
5.1.1 图形实例 67
5.1.2 图形在文件中是如何存储的 67
5.1.3 图形在Gephi 数据资料界面中如何记录 68
5.2 数据资料的输入 69
5.2.1 输入节点 69
5.2.2 输入边 71
5.3 CSV 数据的导入与导出 73
5.3.1 节点CSV 数据 74
5.3.2 边CSV 数据 77
5.4 随机图生成 78
5.5 动态数据 80
第6 章 外观 82
6.1 节点 85
6.2 边 89
第7 章 布局 91
7.1 布局的基本操作界面 92
7.2 默认布局 95
7.2.1 Force Atlas 布局 96
7.2.2 Force Atlas 2 布局 97
7.2.3 Fruchterman Reingold 布局 98
7.2.4 Noverlap 布局 98
7.2.5 OpenOrd 布局 99
7.2.6 Rotate 布局 99
7.2.7 Yifan Hu 布局 99
7.2.8 Yifan Hu 比例布局 100
7.2.9 扩展/ 收缩布局 100
7.2.10 标签调整布局 101
7.2.11 随机布局 101
7.3 6 种力引导布局的比较 102
7.3.1 使用Force Atlas 布局 103
7.3.2 使用Force Atlas 2 布局 103
7.3.3 使用Fruchterman Reingold 布局 104
7.3.4 使用OpenOrd 布局 105
7.3.5 使用Yifan Hu 布局 105
7.3.6 使用Yifan Hu 比例布局 106
第8 章 过滤 107
8.1 过滤的操作界面 108
8.1.1 4 个与过滤有关的工具 109
8.1.2 过滤的分类选择工具 110
8.1.3 过滤的查询工具 110
8.2 过滤的使用方法 111
8.2.1 动态 111
8.2.2 属性 112
8.2.3 拓扑 117
8.2.4 操作分类 137
8.2.5 边 145
第9 章 统计 151
9.1 统计的界面 152
9.2 统计的运行方式 156
9.3 统计的介绍 161
9.3.1 网络概述 161
9.3.2 节点概述 183
9.3.3 边概述 185
9.3.4 动态 188
第10 章 Gephi 的预览界面 193
10.1 预览显示区操作区域 194
10.2 预览显示区底部工具区域 194
10.3 预览设置区底部工具区域 195
10.4 预览设置区操作区域 199
第11 章 Gephi 的颜色选取工具 203
11.1 Choose a Color 204
11.1.1 HSB 205
11.1.2 RGB 211
11.1.3 Hex 212
11.2 节点、边、标签的颜色设置 213
11.3 颜色渐变选取条 216
11.3.1 渐变选取的作用 216
11.3.2 颜色定义点的添加与删除 217
11.3.3 颜色定义点颜色的选取 218
11.4 分区 219
11.5 多选项卡的颜色选取框 220
第12 章 Gephi 空间坐标 222
12.1 Gephi 的X、Y、Z 空间坐标 223
12.2 编辑节点的坐标 224
第13 章 CSV 与Gephi 227
13.1 什么是CSV 228
13.2 从什么地方可以得到CSV 229
13.3 创建一个CSV 文件导入到Gephi 229
13.4 举例：创建“西游记爱慕关系CSV 数据”并导入到Gephi 230
13.4.1 在Excel 中创建节点与边的数据 230
13.4.2 导出为CSV 文件 231
13.4.3 导入到Gephi 中 232
13.5 Gephi 对特殊格式的CSV 文件的支持 235
13.5.1 特殊格式一 236
13.5.2 特殊格式二 237
13.5.3 特殊格式三 237
13.6 Gephi 对矩阵形式的CSV 文件的支持 238
第14 章 动态图 240
14.1 用动态图实现两个例子 241
14.1.1 例子1——生命 241
14.1.2 例子2——婚姻关系 241
14.2 Gephi 动态数据的特性 242
14.3 编辑节点和边的动态数据 243
14.3.1 生命数据的编辑 243
14.3.2 婚姻数据的编辑 244
14.4 动态展示 245
14.4.1 基本展示方法 245
14.4.2 动态数据设置方法 246
第15 章 Gephi 的插件管理 248
15.1 旧版Gephi 商店介绍 249
15.2 新版Gephi 商店介绍 254
15.3 Gephi 插件管理程序 255
第16 章 Gephi 编程 259
16.1 参与Gephi 开发 260
16.1.1 获取Gephi 源代码 260
16.1.2 编译Gephi 源代码 266
16.1.3 修改Gephi 源代码 268
16.2 开发 Gephi 插件 269
16.2.1 Gephi 源代码概述 269
16.2.2 开发一个Gephi 布局插件 271
16.3 Gephi Toolkit 279
16.3.1 Gephi Toolkit 介绍 279
16.3.2 使用Gephi Toolkit 开发自己的图应用程序 280
附录A 代码 286
附录B 为Gephi 提供算法基础的论文 296